El Comitè de Qualificació Professional és l’òrgan de l’Agència encarregat de sancionar les qualificacions de competències dels enginyers sol·licitants i emetre els certificats corresponents.
Està constituït per professionals de reconegut prestigi en un nombre limitat però suficient per cobrir l’espectre d’actuació professional dels enginyers. Eventualment podrà convidar o incorporar altres membres d’àmbits específics.

Les seves funcions són:
- Qualifica el nivell de Competències Professionals d’un enginyer sol · licitant, en un àmbit concret ia partir de la proposta d’avaluació formulada prèviament pel col·legi professional corresponent.
- Emet les certificacions corresponents a la qualificació obtinguda per l’enginyer.
- Resol els conflictes que es plantegin en les avaluacions.
- Vetlla per l’homogeneïtat i el rigor en l’aplicació del sistema d’avaluació entre les diferents entitats que les realitzin.
- Segueix els criteris i procediments de la ISO 17024 de certificació de persones.
- El Patronat de la Fundació determina el nombre de membres i la seva composició.
- No poden ser membres del Comitè: les persones físiques que siguin patrons, o membres dels òrgans de govern de les entitats respectives, ni tampoc els seus directors executius.
- Es reuneix mensualment.